Evolution de nouvelles souches virales
Les virus qui infectent les animaux peuvent passer d'une espèce à l'autre, provoquant une nouvelle maladie, généralement grave, chez le nouvel hôte. Par exemple, en 2003, un virus de la famille des Coronaviridae a sauté d'un réservoir d'animaux, qui serait des chauves-souris en fer à cheval, à l'homme, provoquant chez l'homme une maladie hautement pathogène appelée syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). La capacité du coronavirus du SRAS à passer des chauves-souris en fer à cheval aux humains a sans aucun doute nécessité des modifications génétiques du virus. On soupçonne que ces changements se sont produits dans la civette des palmiers, car le virus du SRAS présent dans les chauves-souris en fer à cheval est incapable d'infecter directement les humains.
Ces virus nouvellement apparus sont souvent hautement infectieux chez l'homme, car ils n'ont pas été rencontrés auparavant par le système immunitaire humain et donc les humains n'ont aucune immunité contre eux. Le coronavirus qui a causé le SRAS, par exemple, s'est propagé rapidement parmi les humains, devenant une menace de maladie importante. Le virus a été rapidement maîtrisé en raison de l'interdiction de voyager et des mesures de quarantaine. Fin 2019, un autre type de coronavirus, appelé SARS-CoV-2, est apparu en Chine et s'est propagé rapidement dans le monde entier, provoquant une pandémie. Le SRAS-CoV-2 a provoqué une maladie connue sous le nom de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), qui était très similaire au SRAS mais a provoqué une mortalité significativement plus élevée, en particulier chez les personnes de plus de 65 ans.
Les virus de la grippe A qui infectent les humains peuvent subir un changement antigénique spectaculaire, appelé changement antigénique, qui génère des virus qui provoquent des pandémies. Ce changement spectaculaire se produit parce que les virus de la grippe A ont un grand réservoir animal, des oiseaux aquatiques sauvages. Le génome à ARN des virus de la grippe A se présente sous la forme de huit segments. Si un hôte intermédiaire, probablement le porc, est simultanément infecté par un virus de la grippe A humaine et aviaire, les segments d'ARN du génome peuvent être réassortis, produisant un nouveau virus qui a une protéine de surface qui est immunologiquement distincte de celle des virus de la grippe A qui ont circulé dans la population humaine. Parce que la population humaine aura peu ou pas de protection immunologique contre le nouveau virus, une pandémie en résultera. C'est ce qui s'est probablement produit lors de la pandémie de grippe de 1957, de la pandémie de grippe de 1968 et de la pandémie de grippe (H1N1) de 2009.
Les virus de la grippe pandémique A peuvent également apparaître par un mécanisme différent. Il a été postulé que la souche à l'origine de l'épidémie de grippe de 1918-1919 dérivait les huit segments d'ARN d'un virus aviaire et que ce virus a ensuite subi de multiples mutations au cours de son adaptation aux cellules de mammifères. Les virus de la grippe aviaire, qui se sont propagés d'Asie en Europe et en Afrique depuis les années 1990, semblent emprunter cette voie vers une capacité pandémique. Ces virus, qui ont été directement transmis des poulets à l'homme, ne contiennent que des gènes aviaires et sont hautement pathogènes chez l'homme, entraînant un taux de mortalité supérieur à 50%. Les virus de la grippe aviaire n'ont pas encore acquis la capacité de se transmettre efficacement d'humains à humains, et on ne sait pas quels changements génétiques doivent avoir lieu pour ce faire.
