Développement de vaccins
Au début des années 1870, Pasteur avait déjà acquis une renommée et un respect considérables en France et, en 1873, il fut élu membre associé de l'Académie de médecine. Néanmoins, l'établissement médical était réticent à accepter sa théorie des germes de la maladie, principalement parce qu'elle provenait d'un chimiste. Cependant, au cours de la prochaine décennie, Pasteur a développé le principe général de la vaccination et a contribué au fondement de l'immunologie.
La première découverte importante de Pasteur dans l'étude de la vaccination remonte à 1879 et concernait une maladie appelée choléra du poulet. (Aujourd'hui, les bactéries qui causent la maladie sont classées dans le genre Pasteurella.) Pasteur a déclaré: "Le hasard ne favorise que l'esprit préparé", et c'est une observation fortuite à travers laquelle il a découvert que les cultures de choléra de poulet ont perdu leur pathogénicité et conservées "atténuées" caractéristiques pathogènes au cours de nombreuses générations. Il a inoculé des poulets avec la forme atténuée et a démontré que les poulets étaient résistants à la souche entièrement virulente. Dès lors, Pasteur oriente tous ses travaux expérimentaux vers le problème de la vaccination et applique ce principe à de nombreuses autres maladies.
Pasteur a commencé à enquêter sur l'anthrax en 1879. À cette époque, une épidémie d'anthrax en France et dans d'autres parties de l'Europe avait tué un grand nombre de moutons, et la maladie attaquait également les humains. Le médecin allemand Robert Koch a annoncé l'isolement du bacille du charbon, ce que Pasteur a confirmé. Koch et Pasteur ont fourni indépendamment des preuves expérimentales définitives que le bacille du charbon était en effet responsable de l'infection. Cela a fermement établi la théorie des germes de la maladie, qui est ensuite apparue comme le concept fondamental sous-jacent à la microbiologie médicale.
Pasteur a voulu appliquer le principe de la vaccination à l'anthrax. Il a préparé des cultures atténuées du bacille après avoir déterminé les conditions qui ont conduit à la perte de virulence de l'organisme. Au printemps 1881, il obtint un soutien financier, principalement des agriculteurs, pour mener une expérience publique à grande échelle de vaccination contre le charbon. L'expérience a eu lieu à Pouilly-le-Fort, situé à la périphérie sud de Paris. Pasteur a immunisé 70 animaux de ferme et l'expérience a été un succès complet. La procédure de vaccination a impliqué deux inoculations à intervalles de 12 jours avec des vaccins de puissances différentes. Un vaccin, issu d'une culture à faible virulence, a été administré à la moitié des moutons et a été suivi d'un deuxième vaccin issu d'une culture plus virulente que le premier. Deux semaines après ces inoculations initiales, les moutons vaccinés et témoins ont tous deux été inoculés avec une souche virulente de charbon. En quelques jours, tous les moutons témoins sont morts, tandis que tous les animaux vaccinés ont survécu. Cela a convaincu de nombreuses personnes que le travail de Pasteur était en effet valable.
Suite au succès de l'expérience de vaccination contre le charbon, Pasteur s'est concentré sur les origines microbiennes de la maladie. Ses recherches sur les animaux infectés par des microbes pathogènes et ses études sur les mécanismes microbiens qui provoquent des effets physiologiques nocifs chez les animaux ont fait de lui un pionnier dans le domaine de la pathologie infectieuse. On dit souvent que le chirurgien anglais Edward Jenner a découvert la vaccination et que Pasteur a inventé les vaccins. En effet, près de 90 ans après le début de la vaccination de Jenner contre la variole, Pasteur a développé un autre vaccin, le premier vaccin contre la rage. Il avait décidé de s'attaquer au problème de la rage en 1882, année de son acceptation à l'Académie française. La rage était une maladie redoutable et horrible qui avait fasciné l'imagination populaire pendant des siècles en raison de son origine mystérieuse et de la peur qu'elle engendrait. La conquérir serait le dernier effort de Pasteur.
Pasteur soupçonnait que l'agent responsable de la rage était un microbe (l'agent a été découvert plus tard comme étant un virus, une entité non vivante). Elle était trop petite pour être vue au microscope de Pasteur, et donc l'expérimentation de la maladie a exigé le développement de méthodologies entièrement nouvelles. Pasteur a choisi de mener ses expériences sur des lapins et a transmis l'agent infectieux d'animal à animal par inoculations intracérébrales jusqu'à obtenir une préparation stable. Afin d'atténuer l'agent invisible, il a desséché la moelle épinière des animaux infectés jusqu'à ce que la préparation devienne presque non virulente. Il s'est rendu compte plus tard qu'au lieu de créer une forme atténuée de l'agent, son traitement l'avait en fait neutralisé. (Pasteur a perçu l'effet neutralisant comme un effet meurtrier sur l'agent, car il soupçonnait que l'agent était un organisme vivant.) Ainsi, sans le savoir, il avait produit, au lieu de micro-organismes vivants atténués, un agent neutralisé et ouvert la voie à la mise au point d'une deuxième classe de vaccins, appelés vaccins inactivés.
Le 6 juillet 1885, Pasteur a vacciné Joseph Meister, un garçon de neuf ans qui avait été mordu par un chien enragé. Le vaccin a connu un tel succès qu'il a immédiatement rendu gloire et renommée à Pasteur. Des centaines d'autres victimes de morsures à travers le monde ont ensuite été sauvées par le vaccin de Pasteur et l'ère de la médecine préventive a commencé. Une campagne internationale de levée de fonds fut lancée pour la construction de l'Institut Pasteur à Paris, dont l'inauguration eut lieu le 14 novembre 1888.
