L'indépendance de l'Amérique centrale a été proclamée pour la première fois le 15 septembre 1821, mais le Mexique a ensuite soumis la région pendant deux ans. Le drapeau des Provinces-Unies d'Amérique centrale nouvellement indépendantes a été adopté le 21 août 1823 et consistait en bandes bleu-blanc-bleu avec les armoiries nationales au centre. Ces armes comprenaient essentiellement les mêmes éléments de conception que le Nicaragua utilise aujourd'hui. Même après que les cinq États membres de la fédération sont devenus des pays indépendants, le Nicaragua a continué à hisser l'ancien drapeau. Enfin, en 1854, une nouvelle tricolore horizontale nicaraguayenne de jaune-blanc-écarlate a été choisie, mais elle n'a pas volé longtemps. La guerre civile et l'intervention de flibustiers nord-américains (aventuriers militaires) ont par la suite entraîné l'introduction et le remplacement rapide d'un certain nombre de drapeaux.
En 1908, l'ancien drapeau de la fédération a été réadopté comme bannière nationale du Nicaragua, avec les modifications appropriées des armoiries. Cette conception de base, avec de nouvelles modifications des armoiries, a été réaffirmée par la loi du 27 août 1971, bien que le bicolore horizontal rouge-noir du mouvement sandiniste ait été de facto un drapeau national secondaire pendant les années de domination sandiniste (1979 –90). Les armoiries sur le drapeau comprennent un triangle pour l'égalité, un chapeau de liberté pour la liberté et cinq volcans entre deux océans, symboliques des cinq pays d'Amérique centrale d'origine entre les bassins de l'océan Atlantique et du Pacifique.
