Ancienne colonie britannique, les Seychelles sont devenues indépendantes le 29 juin 1976. Le drapeau hissé à cette époque avait alterné des triangles bleus et rouges, séparés par une croix diagonale blanche. Peut-être pas par hasard, ce drapeau était presque exactement le même que celui utilisé par l'Australasian United Steam Navigation Company, dont les navires visitaient régulièrement les îles au début du XXe siècle. Le drapeau n'a pas duré longtemps: une révolution a eu lieu le 5 juin 1977, sous la direction du Parti uni du peuple des Seychelles (SPUP). Le nouveau drapeau avait des bandes horizontales rouge sur vert séparées par une bande blanche ondulée, qui était la même que le drapeau SPUP, à l'exception de l'omission d'un soleil jaune au centre.
En 1993, la pression des puissances étrangères a conduit à la démocratisation du gouvernement. Le parti au pouvoir a perdu son monopole lors des élections et la participation d'autres partis au gouvernement a conduit à une demande pour un drapeau national moins partisan. Le Parlement a approuvé un dessin incorporant les couleurs de divers partis dans un drapeau hissé le 18 juin 1996. Les couleurs du drapeau sont bleu (pour le ciel et la mer), jaune (pour le soleil qui donne la vie), rouge (pour le les hommes et leur travail pour l'unité et l'amour), blanc (pour la justice sociale et l'harmonie) et vert (pour la terre et l'environnement naturel).
