Faisant partie du Territoire sous tutelle des îles du Pacifique administré par les États-Unis (TTPI), les Palaos étaient sous les drapeaux des Nations Unies, des États-Unis et du Territoire sous tutelle. Le désir local d'un État et d'un gouvernement séparés a été réalisé le 1er janvier 1981 et un drapeau palaosien a été hissé à cette occasion. Un concours avait été organisé en 1979 qui avait abouti à plus d'un millier de propositions; celui choisi a été créé par Blau Skebong et a été approuvé par le nouveau gouvernement le 22 octobre 1980. Ce drapeau est toujours en usage aujourd'hui.
Le disque d'or représente la lune, qui a une signification particulière pour la culture palaosienne. La pleine lune est traditionnellement considérée comme le meilleur moment pour la pêche, la plantation et d'autres activités. On dit qu'il donne à la population locale "un sentiment de chaleur, de tranquillité, de paix, d'amour et d'unité domestique". Le fond du drapeau n'est pas, comme on pouvait s'y attendre, un symbole de l'océan Pacifique; il fait plutôt référence au «passage définitif de l'autorité administrative étrangère de notre territoire». La pleine indépendance n'a été obtenue par les Palaos qu'en octobre 1994, mais aucune modification n'a été apportée au drapeau à ce moment-là. Le drapeau d'origine de 1981 est conservé au Musée des Palaos dans la capitale, Koror. Le drapeau palaosien est de conception similaire au drapeau du Bangladesh, mais les deux ont des couleurs et des symbolismes différents.
