Le concile de Trente.
En mai 1536, le pape Paul a publié une bulle de convocation pour que son projet de conseil se tienne à Mantoue. Il a également autorisé un groupe restreint de cardinaux à rédiger un rapport sur les abus au sein de l'église. Guidé par le cardinal Gasparo Contarini, ce groupe a dénoncé l'ordination de prêtres mal préparés, la sélection d'évêques incompétents, l'accumulation de bénéfices et la décadence des ordres religieux, la prédication et le soin des âmes. Le rapport, cependant, est tombé entre les mains des protestants et a été utilisé par Luther dans une attaque violente contre l'Église romaine et la papauté. Néanmoins, le pape a poursuivi ses plans pour tenir le conseil, dont l'ouverture est prévue le 23 mai 1537, à Mantoue. Avec une patience infinie, Paul a cherché à surmonter l'opposition de l'empereur, des rois, des prélats et des princes, prorogeant et reportant l'ouverture du conseil encore et encore au cours de neuf ans, mais réussissant finalement à la faire inaugurer par son légat, le cardinal Giovanni del Monte, à Trente, le 13 décembre 1545.
Par déférence pour les clameurs des protestants, l'empereur insista pour que le concile se limite principalement à la discipline et à la réforme. Néanmoins, la décision du Pape de donner la priorité aux questions doctrinales a prévalu et, lors de ses premières sessions, le Concile de Trente a élaboré des décrets sur le canon des Écritures, le péché originel, la justification et les sacrements, ainsi que sur la réforme. Les craintes de la peste et la menace d'une attaque par des forces armées protestantes ont incité le pape à accepter le transfert du conseil à Bologne en février 1548. Mais l'empereur a interdit aux prélats espagnol et allemand d'aller à Bologne, et le pape a dû suspendre le conseil le 17 septembre 1549. Néanmoins, cette première phase du Concile de Trente avait accompli un pas en avant substantiel, conduisant à une réforme en profondeur de l'enseignement et de la discipline de l'Église.
Tout au long de son pontificat, le pape Paul a fréquemment visité des points chauds dans les États pontificaux et au-delà. Il était à Civitavecchia en 1535 et 1537; visité Lucques et Plaisance en route pour Nice en 1538; apparu à Pérouse pour pacifier la ville après que ses forces eurent rompu le pouvoir de la famille Colonna en 1540; et en 1543 a visité Bologne sur son chemin à Busseto pour rencontrer l'empereur.
