Avant que le Kosovo ne proclame son indépendance le 17 février 2008, il n'avait jamais eu le statut politique lui permettant d'avoir son propre drapeau. Après la Seconde Guerre mondiale, le Kosovo a été incorporé dans la Yougoslavie socialiste en tant que région autonome (plus tard province autonome) de la République de Serbie. Le gouvernement fédéral n'autorisait les drapeaux que pour plusieurs républiques constituantes yougoslaves. Cependant, les Albanais de souche vivant au Kosovo ont finalement été autorisés à arborer le drapeau albanais.
Le Kosovo est resté partie de la Serbie après la dissolution de la Yougoslavie socialiste au début des années 90, mais un mouvement séparatiste dans la province s'est renforcé tout au long de la décennie. En 1998, la Serbie a entrepris une action punitive contre les séparatistes au Kosovo, qui en 1999 a été contrée par l'Organisation du Traité de l'Atlantique Nord (OTAN). Le Kosovo a été placé sous administration des Nations Unies, qui y est resté après la proclamation d'indépendance du Kosovo en 2008 jusqu'à ce qu'il soit largement remplacé en 2009 par des fonctionnaires de l'Union européenne (UE). La Serbie et un grand nombre d'autres pays restent opposés à cette déclaration d'indépendance.
Un concours officiel a été organisé pour sélectionner un drapeau national pour le Kosovo. Un grand nombre des entrées étaient basées sur la conception du drapeau albanais, directement ou indirectement. Le schéma choisi - influencé par le drapeau de l'UE - a clairement indiqué que le Kosovo était un pays multiethnique. Les couleurs bleu et jaune du drapeau de l'UE ont été utilisées pour le fond du drapeau et la silhouette du territoire national, respectivement, et le cercle d'étoiles blanches du drapeau de l'UE a été mis en parallèle dans l'arc d'étoiles blanches sur le drapeau du Kosovo. Les stars représenteraient les six groupes ethniques dominants du pays (Albanais, Bosniens, Gorani, Roms, Serbes et Turcs). Cependant, les résidents albanais et serbes de souche du Kosovo ont continué à utiliser leurs drapeaux nationaux respectifs.
