Le Parti africain pour l'indépendance de la Guinée et du Cap-Vert (PAIGC) a trouvé un soutien immédiat dans ces colonies portugaises pour son message de progrès social et économique à travers la révolution politique. En 1961, il a adopté un drapeau quelque peu similaire à ceux des pays indépendants voisins de la Guinée et du Ghana, qui discutaient alors d'une future fédération des terres ouest-africaines. À leur panafricain rouge-jaune-vert, le mouvement de libération pour la Guinée-Bissau a ajouté une étoile noire sur la bande de levage. Cette bande et cette étoile correspondaient géographiquement à la région côtière occidentale avec sa capitale, Bissau (dont le nom national était dérivé). Les rayures horizontales dans la partie restante du drapeau et leurs couleurs jaunes et vertes correspondent à peu près aux savanes du nord et aux forêts du sud.
Officiellement, l'étoile noire serait un symbole du leadership du PAIGC, sa couleur faisant référence au peuple africain et à sa détermination à vivre dans la dignité, la liberté et la paix. Le jaune a été interprété comme un symbole de récolte et de fruits du travail, à la fois dans l'agriculture et ailleurs. Green a rappelé les vastes jungles et les terres agricoles, qui fournissaient des moyens de subsistance à la grande majorité des citoyens. Le drapeau du parti incorporait également les initiales PAIGC, omises lors de la proclamation de l'indépendance le 24 septembre 1973. Le Portugal n'a reconnu la Guinée-Bissau ou son drapeau qu'après sa propre révolution en 1974; néanmoins, une grande partie de la Guinée-Bissau était déjà sous le contrôle du PAIGC et de son drapeau. Le Cap-Vert a finalement abandonné la politique marxiste du PAIGC et a changé son drapeau national, mais la Guinée-Bissau conserve le design original.
