Ministère des Affaires étrangères
Burton est maintenant entré au ministère britannique des Affaires étrangères en tant que consul à Fernando Po, une île espagnole au large des côtes de l'Afrique de l'Ouest. Au cours de ses trois années là-bas, il a effectué de nombreux voyages d'exploration en Afrique de l'Ouest, rassemblant suffisamment de matériel pour remplir cinq livres. Ses descriptions explicites des rituels tribaux concernant la naissance, le mariage et la mort, ainsi que le fétichisme, le meurtre rituel, le cannibalisme et les pratiques sexuelles bizarres, bien qu'admirés par les anthropologues modernes, ne lui ont valu aucune faveur auprès du Foreign Office, qui le considérait excentrique sinon dangereux.
De retour à Londres en congé en septembre 1864, Burton est invité à débattre avec Speke devant la British Association for the Advancement of Science. Speke, qui avec le soldat et explorateur britannique James Augustus Grant avait fait un voyage mémorable de Zanzibar au lac Victoria, puis sur toute la longueur du Nil, devait défendre sa conviction que le lac Victoria était la véritable source du Nil. Après la session préliminaire du 15 septembre, Speke est allé à la chasse, mourant mystérieusement à la suite d'une blessure au fusil à la poitrine. Le jury du coroner a jugé que la mort était un accident, mais Burton pensait qu'il s'agissait d'un suicide. Il a écrit avec angoisse à un ami: «Les charitables disent qu'il s'est tiré une balle, les charitables disent que je lui ai tiré dessus.»
Burton a passé les quatre années suivantes comme consul à Santos, au Brésil, où il a écrit un livre sur les hauts plateaux du Brésil (1869) et a traduit Vikram et le vampire, ou Tales of Hindu Devilry (1870). Il a également commencé à traduire les œuvres du poète-explorateur portugais romantique Luís de Camões, avec qui il ressentait un profond sentiment de parenté. Pourtant, son travail ne l'a pas aidé à surmonter son aversion croissante pour le Brésil. Il a pris à boire, et finalement il a envoyé sa femme dévouée à Londres pour obtenir un meilleur poste pour lui. Elle a réussi à persuader le ministre des Affaires étrangères de nommer le consul de Burton à Damas.
De retour au Moyen-Orient, qu'il aimait, Burton réussit pendant un certain temps en tant que diplomate; mais l'intrigue musulmane, compliquée par les indiscrétions de prosélytisme de sa femme catholique romaine, a entraîné son licenciement humiliant en août 1871. Les détails de cet événement ont été enregistrés par Isabel Burton dans sa vie intérieure défensive animée de Syrie (1875).
