Le drapeau a été adopté par le Conseil territorial en 1967. Ses rayures verticales inégales sont appelées «pâles canadiennes» parce qu'elles correspondent à celles du drapeau national canadien. (En héraldique, une pâle est une bande verticale centrale sur un bouclier, couvrant normalement un tiers ou moins de la superficie.) La bande verte du drapeau du Yukon est pour les forêts du territoire, tandis que le bleu est pour les rivières et les lacs; le blanc est pour la neige arctique. L'emblème central est le blason officiel du Yukon, qui a été accordé au territoire le 24 février 1956, par mandat royal. Ce blason a été conçu par le commandant Alan B. Beddoe, tandis que le drapeau était le concept de M. Lynn Lambert, étudiant à Haines Junction.
La crête dans les armoiries représente un chien Malamute, qui a été largement utilisé dans l'ouverture du territoire du Yukon riche en minéraux à l'habitation européenne. La bande verticale ondulée sur le bouclier représente le fleuve Yukon, les triangles rouges suggèrent des montagnes et les disques d'or font référence à l'or et à d'autres minéraux. La croix de Saint-Georges (d'Angleterre), ainsi que le symbole héraldique pour la fourrure et la fleur territoriale (l'épilobe), complètent la conception des armoiries.
