Au XXe siècle, les deux territoires finalement liés en Papouasie-Nouvelle-Guinée étaient administrés par les Allemands, les Britanniques et les Australiens. Les gouvernements coloniaux n'avaient pas de symboles officiels d'importance locale, bien qu'un projet d'armoiries pour la Nouvelle-Guinée allemande - jamais adopté en raison de la participation de l'Allemagne à la Première Guerre mondiale - comportait un oiseau de paradis. En 1962, un drapeau local a également incorporé un oiseau de paradis. Cette conception originale, utilisée par une équipe sportive, était verte et comportait une interprétation naturaliste des oiseaux près du treuil. Plus tard, l'administration coloniale a développé un tricolore vertical bleu-jaune-vert comme futur drapeau national possible. La Croix du Sud est apparue sous la forme de cinq étoiles blanches sur la bande de levage et une silhouette blanche d'oiseau de paradis était représentée sur la bande verte. Les étoiles rappelaient celles du drapeau national australien.
Les Insulaires n'étaient pas enthousiastes à propos de la proposition, mais le gouvernement a reçu un projet de conception d'une jeune étudiante, Susan Karike, qui a trouvé un large soutien. L'oiseau de paradis et la constellation ont été conservés, bien que le premier soit jaune au lieu de blanc. L'arrière-plan du drapeau a été radicalement changé: deux couleurs, rouge et noir, ont été choisies car elles figurent largement dans l'art et les vêtements locaux. La division diagonale a donné un meilleur équilibre au design et a rendu le drapeau unique. Le Parlement national a reconnu le drapeau le 11 mars 1971 et son utilisation a été étendue aux navires immatriculés en Papouasie-Nouvelle-Guinée lorsque le pays est devenu indépendant le 16 septembre 1975.
