Dans leur révolte contre la domination espagnole, les patriotes équatoriens de la ville de Guayaquil, le 9 octobre 1820, arboraient un drapeau de cinq bandes horizontales égales de bleu clair et de blanc, avec trois étoiles blanches au centre. Les couleurs et les rayures s'inspirent des drapeaux argentins portés par José de San Martín et son armée des Andes. Victorieux contre les Espagnols à la bataille de Pichincha le 24 mai 1822, le général Antonio José de Sucre hissa le tricolore horizontal jaune-bleu-rouge que Francisco de Miranda avait volé en 1806 au Venezuela. Ces deux traditions de drapeau d'autres anciennes colonies espagnoles ont influencé les drapeaux de l'Équateur tout au long du 19e siècle.
Au début, un drapeau blanc avec une étoile blanche sur un canton bleu a été adopté le 2 juin 1822; il a été remplacé le 6 mars 1845 par un drapeau à rayures verticales blanc-bleu-blanc et trois étoiles blanches. Plus tard dans l'année, le nombre d'étoiles est passé à sept. Sous Gabriel García Moreno, le 26 septembre 1860, le pays a changé pour les rayures inégales jaune-bleu-rouge utilisées par la Colombie voisine. Cette décision a été ratifiée le 10 janvier 1861 et reconfirmée le 5 décembre 1900. Le blason de l'Équateur apparaît sur le drapeau lorsqu'il est utilisé à l'étranger ou à des fins officielles, afin de le distinguer du drapeau de la Colombie. La conception comprend un condor sur un bouclier ovale avec des montagnes enneigées, une rivière, un bateau à vapeur et un soleil. Une couronne, des drapeaux drapés et un fasces complètent le design.
