Le chromophore, un groupe d'atomes et d'électrons faisant partie d'une molécule organique qui provoque sa coloration.
Des corrélations entre les caractéristiques structurelles des composés chimiques et leurs couleurs sont recherchées depuis environ 1870, date à laquelle il a été noté que les quinones et les composés azoïques et nitro aromatiques sont souvent très colorés et que les couleurs sont diminuées ou détruites lorsque les composés sont hydrogénés. La capacité d'un composé à absorber l'hydrogène, appelée insaturation, est causée par la présence d'électrons qui ne sont pas fortement fixés dans des liaisons covalentes entre des paires particulières d'atomes mais occupent de plus grandes régions de l'espace (orbitales moléculaires) qui peuvent être associées à plusieurs atomes. Ces électrons peuvent absorber l'énergie de la lumière sur une certaine plage de longueurs d'onde dans la région visible; la transmission ou la réflexion du reste de la lumière donne naissance à la couleur observée du composé. Une coloration profonde se produit si plusieurs chromophores sont étroitement liés dans la même molécule ou si un autre groupe, appelé auxochrome, est présent.
