Hypothèse polychète, théorie selon laquelle les conodontes (structures minuscules ressemblant à des dents trouvées comme fossiles dans les roches marines) font partie de l'appareil à mâchoires des vers polychètes, une classe des vers annélidés ou segmentés. Les conodontes ressemblent aux mâchoires (scolécodontes) des vers polychètes sous forme, et ils se trouvent en paires gauche et droite, tout comme les scolécodontes. Les dents polychètes sont connues dès la période ordovicienne (il y a environ 505 millions à 438 millions d'années), mais les conodontes ont fait leur première apparition incontestée plus tôt, à l'époque du Cambrien supérieur (il y a environ 523 millions à 505 millions d'années). Les arguments contre la relation conodontes-polychètes incluent le fait que les scolécodontes changent peu avec le temps, tandis que les conodontes présentent une grande variation et évolution dans le temps. Les scolécodontes sont composés de chitine, un matériau corné résistant, semblable à la composition des ongles. Les conodontes, cependant, sont composés de phosphate de calcium, comme dans les squelettes des vertébrés. Certains groupes inconnus de polychètes ont pu être capables de sécréter des structures de phosphate de calcium, mais les grandes différences de mode de croissance entre les conodontes et les mâchoires polychètes constituent un argument convaincant contre l'hypothèse des polychètes.
