Bien qu'il y ait eu des mouvements sécessionnistes au Panama quand il faisait partie de la Colombie au 19ème siècle, il n'y avait pas de drapeau panaméen reconnu. En 1903, lorsque le Sénat de Colombie a rejeté le projet de traité avec les États-Unis qui aurait prévu la construction d'un canal de Panama, les Américains ont aidé le mouvement d'indépendance panaméen et la République du Panama a été formée.
Initialement, un design de drapeau a été proposé qui utilisait les couleurs du drapeau colombien. Il se composait de bandes horizontales égales de rouge et de jaune avec un canton bleu portant deux soleils jaunes liés, symbolisant la liaison des deux moitiés de la planète par le futur canal de Panama. Le dessin du drapeau finalement choisi est devenu officiel le 4 juillet 1904; il était divisé trimestriellement avec deux étoiles. Le symbolisme attribué était l'alternance des deux principaux partis politiques au gouvernement (à l'origine, le rouge était pour les libéraux, le bleu pour les conservateurs et le blanc pour la paix entre eux), bien que les couleurs et les étoiles aient clairement fait allusion à l'influence du drapeau de les États Unis. Le drapeau panaméen a été conçu par Manuel E. Amador, fils du premier président de la nouvelle république.
