En tant qu'archevêque
Pendant près d'un an après la mort de Theobald, le siège de Canterbury était vacant. Thomas était conscient de l'intention du roi et a essayé de le dissuader par des avertissements de ce qui allait se passer. Henry a persisté et Thomas a été élu. Une fois consacré, Thomas a changé à la fois son regard et son mode de vie. Il devint pieux et austère et embrassa le programme intégral de la papauté et son droit canonique. Ce changement spectaculaire a déconcerté les historiens et plusieurs explications ont été tentées: que Thomas était intoxiqué par son ambition de dominer ou qu'il se jetait, comme auparavant, dans un rôle qu'il avait accepté de jouer. Il est plus simple de supposer qu'il accepta enfin les obligations spirituelles qu'il avait ignorées en tant que chancelier et transforma en un nouveau canal son énergie mêlée, sa force de caractère, son impétuosité et son ostentation. Au grand mécontentement d'Henry, il démissionna immédiatement de la chancellerie mais s'accrocha à l'archidiacre jusqu'à ce que le roi le force à démissionner.
Henry était en Normandie depuis août 1158, et à son retour en janvier 1163, Thomas commença la lutte en s'opposant à une proposition fiscale et en excommuniant un baron de premier plan. Plus grave était son attitude dans l'affaire des «commis criminels». En Europe occidentale, les ecclésiastiques accusés jouissaient depuis longtemps du privilège de subir leur procès devant l’évêque plutôt que des tribunaux laïques et recevaient généralement des peines plus légères que les tribunaux non professionnels n’évalueraient. En Angleterre, avant la conquête normande, c'était encore la coutume. S'ils étaient reconnus coupables par un tribunal ecclésiastique, les clercs pouvaient être dégradés ou exilés mais n'étaient pas passibles de mort ou de mutilation. Pendant 60 ans après la conquête normande, on entend peu parler du crime clérical ou de sa punition, tandis que sur le continent, les réformateurs grégoriens avaient tendance à mettre l'accent sur le droit exclusif de l'église de juger et de punir les clercs dans les principaux ordres. La position de Thomas, selon laquelle un greffier coupable pouvait être dégradé et puni par l'évêque, mais ne devait pas être puni à nouveau par l'autorité laïque - «pas deux fois pour la même faute» - était canoniquement défendable et a finalement prévalu. L'affirmation de Henry selon laquelle le crime de bureau était répandu et qu'il était encouragé par l'absence de sanctions draconiennes se recommande aux lecteurs modernes comme étant juste. Mais il faut se rappeler que les motifs du roi étaient autoritaires et administratifs plutôt qu'éclairés. Néanmoins, on peut penser que Thomas a été mal avisé dans sa position rigide sur ce point.
La question a été jointe à un conseil à Westminster (octobre 1163), mais la crise est survenue à Clarendon (Wiltshire, janvier 1164), lorsque le roi a exigé une sanction mondiale de tous les droits royaux traditionnels, réduite à une écriture de moins de 16 têtes et connue sous le nom de Constitutions de Clarendon. Ceux-ci affirmaient le droit du roi de punir les commis criminels, interdisaient l'excommunication des fonctionnaires royaux et faisaient appel à Rome, et donnaient au roi les revenus des sièges vacants et le pouvoir d'influencer les élections épiscopales. Henry était justifié de dire que ces droits avaient été exercés par Henry I, mais Thomas était également justifié de soutenir qu'ils contrevenaient à la loi de l'église. Thomas, après avoir verbalement accepté les Constitutions de Clarendon, a révoqué son assentiment et a fait appel au pape, alors en France, qui l'a soutenu tout en décourageant l'action précipitée.
Querelle avec Henry
Les bonnes relations entre Thomas et Henry étaient maintenant terminées; l'archevêque a été convoqué par le roi sur un point d'obligation féodale. Au Conseil de Northampton (6-13 octobre 1164), il était clair que Henry avait l'intention de ruiner et d'emprisonner ou de forcer la démission de l'archevêque. En cela, il a été encouragé par certains évêques, dont Gilbert Foliot, évêque de Londres. Thomas s'est enfui déguisé et s'est réfugié auprès de Louis VII de France. Le pape Alexandre III le reçut avec honneur mais hésita à agir de manière décisive en sa faveur, de peur qu'il ne jette Henri dans les bras du saint empereur romain Frédéric Ier et de son antipape Pascal III.
L'exil de Thomas a duré six ans (du 2 novembre 1164 au 2 décembre 1170). Il a été rejoint par de nombreux membres de sa famille distinguée et a vécu ascétiquement, d'abord à l'abbaye de Pontigny, puis, lorsque Henry a menacé les moines, dans une abbaye près de Sens. Henry avait entre-temps saisi les propriétés de l'archevêque et de ses partisans et avait exilé tous les proches de Thomas les proches. Au cours des années suivantes, plusieurs tentatives avortées de réconciliation ont été faites, mais de nouveaux actes d'hostilité du roi et des déclarations d'excommunication lancés par Thomas à ses adversaires ont aigri les luttes.
Les évêques étaient divisés, mais la majorité d'entre eux, dirigés par Foliot, étaient soit hostiles à Thomas, soit hésitants à le soutenir. Les légats pontificaux ont tenté plus d'une fois de servir de médiateur, et le roi et l'archevêque se sont réunis à Montmirail en 1169, pour se séparer de colère. Thomas se méfiait du roi et était à son tour détesté par lui. La même année, Henry publie des ajouts aux Constitutions de Clarendon, retirant virtuellement l'Angleterre de l'obéissance papale. Enfin, en 1170, il fait couronner son fils aîné comme co-roi par l'archevêque de York, le vieux rival de Becket.
Il s'agissait d'une violation flagrante de l'interdiction papale et du droit immémorial de Canterbury de couronner le roi. Thomas, suivi du pape, a excommunié tous les responsables. Henry, craignant une interdiction pour l'Angleterre, a rencontré Thomas à Fréteval (22 juillet), et il a été convenu que Thomas devrait retourner à Canterbury et récupérer tous les biens de son siège. Aucune des parties ne s'est retirée de sa position concernant les Constitutions de Clarendon, qui à cette occasion n'ont pas été mentionnées. Ce concordat «ouvert» est resté un événement inexplicable. Thomas est revenu à Canterbury (2 décembre) et a été reçu avec enthousiasme, mais de nouvelles excommunications des serviteurs royaux hostiles, le refus de lever l'excommunication de Roger d'York et de Foliot, et son acceptation immédiate de l'acclamation tumultueuse de la foule ont rendu Henry furieux en Normandie.
